尊孔建校于1906年，时值战乱连年、民不聊生的清朝末年，也是民风初开、荆棘载途的马来亚立国前半世纪。
从诞生的那一天起，尊孔就始终与民族及国家同呼吸，共命运，在民族教育的苦旅中，在国家文化的建设上，尊孔作出了积极贡献。几代尊孔人在一百余年的筚路蓝缕中，用勤奋、智慧和刚毅铸就尊孔的风格和传统，这些无形的宝贵遗产凝结成我们的校训：“勤、朴、勇、毅”，形成了尊孔代代相传的刚性〝尊孔精神”；整百年来，在华教长征路上，它陪伴着、鼓舞着尊孔人前进。

晋入强调人文关怀、多元开放的人权时代，为柔化刚性的尊孔精神，本校结合时代特征，提倡“平等、宽柔、启发、身教”的教风以及“自学、自治、求实、创新”的学风，并在这基础上立意树立“尊重、关爱、民主、科学”之校风，为建设自主、和谐、包容、温馨的校园文化而努力。

处在人权资讯时代的21世纪里，作为一所民办的民族中等教育机构，本校提出“迈向资讯时代，回归人文精神”的校务发展总方针。在此总方针的指引下，本校近几年来进行几项重大的宏观政策调整以作为开展教育改革的基本内容：

（一）由疏离民众、远离华社的“独善其身，孤芳自赏”的静态、被动、单元、封闭的小格局步向走进民众，立足华社，面向世界、面向现代化、面向未来的动态、主动、多元、开放的大格局。
（二）多方筹措资金以进行硬体建设，为软体建设及教育改革制造有利的物质条件。
（三）采取具体措施，松绑应试教育，开展教育改革，推行素质教育。
（四）调整教务政策，由“独尊智育，偏废诸育”转向“平衡诸育，全面发展”。
（五）端正教育哲学观点，在育人教学及行政管理方面建立各种科学化、民主化及人性化机制，让教育的主导思想从“教师中心观”向“学生中心观”转化。